降解的RNA也有春天

从临床样本出发进行芯片、测序等高通量生物学研究是最常用的思路，但样本采集过程受制于病理特征、病例数量等因素，耗时费力。无数期盼等来了期待中的临床样本，做个RNA抽提还常常……

降解样本的RNA完整度低，长链RNA变成了短链，在常规的扩增过程中会发生探针检测的目的片段的丢失，导致芯片结果的不准确。

遇到RNA降解了怎么办？

有条件的话，重新收样一定是更佳选择。样本取材时注意操作迅速稳定，尽快液氮速冻。也可以选用RNAlater等RNA保存试剂，但也需要严格按照此类试剂的操作规范进行，否则也达不到对RNA的保护效果。比如浸泡RNAlater前，组织样本尽量切割成任一方向小于0.5cm的小块，以保证浸泡尽可能充分。

但是珍贵样本怎么可能轻易重新取到呢？降解的珍贵样本真的只能扔了么？No！

针对降解样本Affymetrix官方推出了一款表现优秀的降解RNA扩增标记试剂盒：SensationPlus™ FFPE Amplification and 3’ IVT Labeling Kit。该试剂盒使用随机引物和OligodT引物混合使用的策略，可以有效扩增20-200ng的降解样本RNA，甚至FFPE样本的RNA，让这些低量降解的样本活过来，为研究者节约了大量样本收集端的时间付出。

测试一下这个试剂盒。针对同一细胞进行不同基因操作处理，进行3vs3的芯片表达谱检测。收样后因某种处理，抽提产物2100质检RIN值在2左右。经过SensationPlus试剂盒扩增标记后杂交芯片，得到的结果非常漂亮。

数据质量优秀，差异基因（2倍以上差异）上调的有600多，下调的500多。后续GO/Pathway富集分析结果也很赞。

附分析流程：

保存良好的FFPE样本抽提产物RIN值通常在1.8-2.8，所以FFPE样本用这个试剂盒也能满血复活。不过FFPE样本会受保存条件和时间的影响，造成一定的数据不稳定，因此推荐上芯片要对FFPE样本做有针对性的筛选，优先选择时间更近的样本。当然最好是整理出批量样本后试抽提几个，看看RNA的降解情况。

还等什么，样本库里睡着的石蜡块，来让它们发挥更大的作用吧~~~