想做特异性表达，先get“启动子预测”技能！

看到大家有这么多的问题，又对启动子预测如此感兴趣！小编甚是开心。
 

今天就给大家介绍一下“常规基因的启动子预测方式”（适用于lncRNA，mRNA）。
 

启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特性。常规启动子以二型为主，核心序列包含TATA box和CAAT box，这两部分组成的序列含有基础转录活性，也就是具备启动子特征，但是表达水平很低，此序列紧挨着转录起始位点TSS，一般位于编码基因5UTR（不是ATG哦）上游的300bp之内。
 

研究启动子，其实不是研究核心启动子，而是研究启动子在细胞不同状态下表达活性的差异性，这种差异由启动子临近基序调控，研究较多的是增强子、甲基化、转录因子，这些基序位于核心启动子上游居多，所以，常规取包含核心启动子及其上游共计2kb进行研究。
 

转录因子-启动子结合图

打开NCBI主页GENE链接，在搜索框输入对应基因及物种(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/ )
 

打开搜索的结果，进入基因界面，小编划重点了哈~

注意基因位于染色体正义链还是反义链—看箭头指向，如果是正义链，则启动子取Location左侧数字减去2000bp；如果是反义链（染色体写法会加上complement），则取Location右侧数字加2000bp。

根据转录本确定启动子实际所在位置。很多科研工作者认为基因组延伸的序列就是启动子，或者一个基因只有一个启动子，实际上这是错误的。基因通过选择性剪切，从RNA中选择外显子的不同部分以形成不同的mRNA序列，每个独特的mRNA序列产生独特的蛋白质，这些高度相似的蛋白质亚型可以由可变剪切、可变启动子或转录后修饰形成。
 

所以，研究基因得确定候选的转录本亚型，转录本亚型可从上述基因界面获得，该界面对不同亚型会有具体分类（如isoform 1；isoform a等），亚型不同，启动子可能会有差异，可在Genomic regions, transcripts, and products处查看：

ESR1转录本较多，如果该基因默认取延伸的2kb，那么实际上取的是最头部的转录本上游序列，所以对应的是XM_017010377的启动子，显然不符合常规的研究，那么该如何操作呢？？

小编接着往下细说：

首先，您得有个序列分析软件，推荐snapgene，

可在https://www.snapgene.com/release-notes/?referrer=SnapGene%20Viewer 下载

打开研究的转录本亚型，如NM_000125，点击软件Import，输入NM_000125，点击Import，打开序列，复制第一个外显子
 

Copy出全长序列以snapgene打开，并以第二步复制的第一个外显子在基因组序列搜索，其上序列就是启动子座落区，复制出来即可。
 

如果担心取的启动子有误怎么办？
 

不要担心，从EPD数据库  （https://epd.epfl.ch//documents.php）查找比对，EPD收录的是已经验证的真核生物二型启动子数据库，以基因名称+物种搜索：
 

搜人源ESR1获得收录的6个启动子，我们看下前三个启动子位置：
 

由启动子位置看出，不同转录本的启动子位置差异较大。接下来可以从Get sequence获得序列，然后跟前期取的启动子比对进行确认。
 

该网站还提供JASPAR数据库来源的转录因子—启动子结合预测，选择对应参数即可：
 

以上是常规启动子获取的方式，是不是很easy呢！！！
 

吉凯基因将为各位科研工作者提供更多的特异性启动子，为科研助力！！！
 

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