教程∣做miRNA研究，miRNA靶基因预测会了吗？

• miRNA命名：物种-mir-数字-成熟体（人hsa，小鼠mmu，大鼠rno）；

• miRNA种子区（seed region：成熟体第二位开始的6~7个碱基）

        hsa-miR-155-5p

        UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGUU

1.种子区与靶基因互补配对为预测核心原则(适用于所有类型，配对原则：A-T,C-G,G-T也可以配对）；

2.物种间保守性（主要针对编码基因，保守结合阳性概率大）；

3.RNA的结合能量（负值，绝对值越大，结合效率越高）；

4.其他（不同网站算法不一样，如targetscan以多重算法累加；RNAhybrid以自由能预测）。

打开Targetscan网站，选择对应物种，填入基因名称，输入miRNA成熟体名称：
 

点击submit，若基因有多个转录本，需选择以哪个为准预测，一般选择第一个最常用的，点击ID:
 

结果页面，默认只显示脊椎动物保守的miRNA，点击下列选项调出所有预测的miRNA：

若与对应的miRNA有结合，则会在下游页面显示；无结合则显示其他miRNA。界面显示多种参数，部分为冗余参数，小编建议看三类：

1. 保守性：Conserved  OR  Poorly conserved，保守的优于非保守；

2. Context++ score percentile：结合评分，数值越接近100越好；

3. Pct:物种进化保守评分，越接近1表示越保守。

数据库DIANA提供miRNA多个分析模块（miRNA启动子、调控因子、通路等），lncBASE模块提供miRNA-lncRNA两个子选项：已验证结合的Experimental、预测Predicted。下面以预测为例，点击Predicted module，输入ENSEMBL(欧洲核酸数据库)基因ID或者转录本（每次输入ID需要等其自行识别出再点击）:

展开之后：

而在验证的模块可以直接查询实验验证的结合分子：

若需要批量查询，则在对应模块单独输入lncRNA ID或者miRNA即可（预测模块注意调整阈值）。

1.打开Circinteractome网站，选择miRNA预测选项，输入ID：
 

点击“search”，评分参数跟targetscan类似：

2.登录Circbank网站，输入ID：

“search”之后点击“miRNA”：

以上介绍了不同数据库及不同类型分子的miRNA预测，有一个共同点：几乎都符合种子区预测。

所以，任何类型的序列预测都可以依靠种子区匹配情况进行初步判定；若种子区无结合，而前期实验显示有相关性，该如何预测呢？那就得考RNA之间结合稳定性如Rnahybrid预测啦！

Snapgene软件打开GAS5转录本NR_002578（打开方式见文末往期精彩视频教程），以hsa-miR-21-5p为例：

打开“bibiserv”官网，点击“submission”，再点击“reset”，再以fasta格式填入序列：

“hits per target”表示输出结果的数量，调整以获得较多的预测，如10、20:

“approximate p-value”选择对应的物种:

根据网站跳转依次点击“next”、“start calculcation”、“Html output”输出结果：
 

挑选结合位点按照mfe评分、种子区结合为两大参考原则（如第一个评分最高，若排除G-T结合，种子区也有五个碱基结合）。

以上预测的结合方式在常规网站是预测不到的，那么有没有参考价值呢？ZHANG[1] 等验证了两者的结合（[1] Negative regulation of lncRNA GAS5 by miR-21），位点跟第一个是一样的：

所以，虽然种子区预测是主流，但千万不要忽视非常规结合。

以上是小编介绍的不同miRNA与不同类型序列的预测方法，此类预测网站较多，各有特点，但是使用方法是相近的。

此外，凡是预测的，即便保守性再高、结合评分再好还是得以实验验证！！！

相关网站：

1.如何查找基因序列？
2.如何设计引物？
3.如何设计RNAi/CRISPR靶点？【点击这里查看教程】
4.如何预测miRNA靶基因/miRNA结合位点？
5.如何预测转录激活因子结合位点？

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