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公司新闻/正文
找不到与LncRNA互作的miRNA？那你可以试试这两个网站
3684 人阅读发布时间：2020-11-18 13:25
ceRNA全称为“competing endogenouse RNA”, 中文名称是“竞争性內源RNA”，和ncRNA等概念不同。ceRNA并不是代表某种特定类型的RNA，而是一种调控机制，在国自然中受到广泛关注，即ceRNA是通过与miRNA反应原件（MREs）竞争相同的miRNA，进而调节靶基因转录本的表达。已发现的ceRNA 包括蛋白编码 mRNA 和非编码 RNA， 其中后者包括假基因转录物、 长链非编码 RNA（LncRNA）、环状 RNA（circRNA）、人工miRNA抑制剂（Artificial miRNA sponges）、假基因（pseudogene）、病毒RNA抑制剂（viral miRNA sponges）。
LncRNA（Long non-coding RNA）是长度大于200个核苷酸的非编码RNA。LncRNAs作用范围广泛，机制非常复杂，可以与DNA、RNA、蛋白质互作，参与表观、转录、转录后等多个层面的调控，在生命活动中有重要作用。LncRNA可以与miRNA互作，作为ceRNA并吸收miRNA，抑制miRNA的作用，促进mRNA表达。常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等只能预测编码基因3UTR与miRNA的结合，有些网站可以预测LncRNA与miRNA的结合位点，比如starbase，但是只能预测少部分且已知的LncRNA，碰到新发现的novel LncRNA就无能为力了。而今天我们要介绍的这两个网站可以帮助大家解决此问题。
一、 mirdb
进入mirdb网站，点击左侧的“Custom Prediction”。该功能可以使用自己的LncRNA序列进行预测。选择Species（可选物种：Human、Mouse、Rat、Dog、Chicken）,选择Submission type（可选miRNA Sequence和miRNA Target Sequence），这里我们选择miRNA Target Sequence，对于miRNA Target Sequence的长度有要求，必须在100-3000bp之间。
接着，“Go”之后，输出结果如下，通过每个结果左侧的“Details”查看具体的结合位点。预测的原则方法同编码基因，都是种子区序列（seed sequence）与LncRNA结合。
二、 RNAhybrid
RNAhybrid是一种用于发现长链RNA和短链RNA的最小自由能杂交配对的工具。杂交配对的计算是在一种域模式（domain mode）下进行的，即短序列与长序列的最合适部分杂交配对。因此该工具主要是作为microRNA靶基因预测的手段。进入网站，选择“Submission”，小编的习惯是target Sequence(s)和miRNA sequence(s)的“data input method”选择“Copy & Paste”。这里，target Sequence(s)和miRNA sequence(s)可以是多个序列，“data input method”选择“File Upload”上传符合网站要求的文件。通常我们碰到的情况是预测某个LncRNA可能的miRNA，只要在miRNA sequence(s)位置输入对应的miRNA即可，按照fasta格式可输入多个miRNA。
如果要预测LncRNA与所有比如Human的miRNA的结合情况，那可以先从miRBase数据库下载mature序列，稍作整理即可用RNAhybrid进行预测。
需要注意的是，RNAhybrid预测LncRNA与miRNA结合位点并不是基于种子区序列（seed sequence）进行预测，而是基于最小自由能进行计算的。这里建议从预测结果中选择可能的miRNA结合位点时，同时考虑结合序列位于种子区序列（seed sequence），同时排除种子区序列存在G:U配对的预测结果。
两个网站就简单介绍到这里。而上述两个网站中都提到了种子区序列（seed sequence），简单为大家介绍下何为种子区序列（seed sequence）？
从下面三张图片，基本能了解种子区序列（seed sequence）在哪里？有哪几种结合方式？每种结合方式的稳定性如何？
图 1
图 2
图 3
两个网站中，小编更喜欢用RNAhybrid，因为它足够灵活。同时我也相信还有其他网站有可以进行这样的预测分析，欢迎大家扫码添加微信，与我们进行分享。
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