曾经科学界认为，只要绘制出了人类基因组序列图，就能了解疾病的根源，但是却发现基因组并不如预期那样能够揭示人类生、老、病、死的全部秘密，如何解读这本“天书”成为一大难题。如中国科学院贺福初院士所说“生在基因组，命在蛋白组”，基因组序列只是提供了一维遗传信息，而更复杂的多维信息发生在蛋白质组层面，因此想要解密基因组，必须先系统认识蛋白质组。

随着质谱技术的不断的发展，蛋白质组学向“测得更准、更深、更快和更稳”快速迈进，使得大规模的蛋白质组学研究可以更容易展开，以蛋白质组学为核心的精准医学也日益成熟。2014年，贺福初院士领导启动“中国人类蛋白质组计划”(CNHPP)，并取得了一列代表性研究成果，如2018年弥漫型胃癌的蛋白质组分型、2019年早期肝癌蛋白质组分型、2020年肺腺癌的蛋白质组分型以及2022年肝内胆管癌的蛋白质组分型等。这些高水平的研究与实践表明，基于蛋白质组学不仅可以对肿瘤进行精准分型，还可以找到亚型特异的治疗靶点，发现/研发新的治疗药物。蛋白质组学驱动的精准医学新时代的开启，有望产生更多百亿级潜在市场价值的生物标志物、诊断试剂和治疗药物。

吉凯基因一直致力于提供专业的蛋白质组学服务，基于蛋白质组学数据挖掘需求以及高水平文章的生信分析内容，本次我们对蛋白质组分析报告进行了新一轮升级！新版报告（B套系）提供三套差异筛选标准的分析结果和25项标准分析，远超行业常规交付标准！自2022年9月26日起进入生信分析的正价合同（项目进展可查看吉凯推送的项目进展邮件）和新签的正价合同，即可自动升级为B套系，加量不加价！跟着小编一起来看看B套系有哪些亮点吧。

三大核心看点

01 TOP级期刊生信分析：远超行业常规交付标准，生信美图已协助多位客户发表高水平研究成果

吉凯基因提供的生信美图可满足高水平期刊发文要求，已协助多位客户发表高水平研究。此次B套系新增了多项分析内容，累计提供多达25项标准分析内容，远超行业常规交付标准。
02 提供数据挖掘服务及后续研究投稿建议：让科研更省心、更省力、更高效

针对这些研究者关心的数据挖掘、后续研究&论文写作思路以及投稿期刊等问题，吉凯基因在报告中提供了《关键蛋白质候选列表》、后续研究思路及投稿期刊建议等内容，可供参考。

03 全新的报告设计：多重交互式体验的网页版报告

B套系蛋白质组学报告采用了全新的网页版设计，界面干净、整洁。右侧目录栏显示了报告的主体内容，点击主目录可展开其子目录，支持研究者随心所欲切换。
新版报告还内嵌了多重交互式体验，比如增加浮动显示窗，隐藏或展开分析结果，点击下拉按钮可切换分析结果以及网络图中的蛋白可任意拖动，让整个报告更加人性化、个性化。
七大特色分析
01多种样本平行性及质量评价维度：从源头上把控数据质量，以提高分析结论的可靠性、可重复性
从样品到数据获得过程中的每一个环节都会对数据质量产生影响，而数据质量又会直接影响后续生信分析的结果。为了从源头上保证数据的准确性、可靠性，吉凯基因严格把控每一个实验步骤，从根本上确保了高质量数据的产出。

除此之外，在进入生信分析前，吉凯基因提供数据缺失值检查、相关性分析、PCA分析、聚类树和RSD分析等五种统计分析方法来检验、评估各组样本的平行性和定量好坏，从源头上剔除过滤掉低质量样本，把控数据整体质量，以提高分析结论的可靠性、可重复性！
02 三套差异筛选标准：让每套数据找到最适合的标准

不同于业内常规的一套差异筛选标准，吉凯基因提供三套差异筛选标准及3套标准下的差异结果一览表，以便研究者对比不同标准下的分析结果，选择最适合本套数据的差异标准。更为重要的事，吉凯基因一次性交付的是3套差异筛选标准下的分析报告，所以研究者可直接挑选最适标准下的分析结果进行阅读，从而无需将宝贵的科研时间浪费在数据返修上。

3套差异筛选结果一览表（示例）
03 提供关键蛋白质候选列表：让临床科研更轻松、高效

蛋白质组学研究的一个主要内容即为寻找和筛选实验组和对照组之间差异的蛋白质。为了帮助研究者尽快锁定关键的差异蛋白质，吉凯基因基于对大量蛋白质组学文献中的候选蛋白挑选思路的整理，提供excel表形式的《关键蛋白质候选列表》供研究者参考。

关键蛋白质候选列表（表头示例）


04 多种GO/KEGG富集分析方法：多角度分析，让“烂”的数据也能挖出结果

不同于业内传统单一的富集分析方法及单调的可视化呈现方式，吉凯基因除了提供传统富集分析（基于差异蛋白质分析）外，还将提供GSEA分析（不依赖于差异蛋白质，用所有蛋白质分析），极大的提高了行业交付标准！

1. 基于差异蛋白质的传统富集分析方法（Fisher’s Exact Test）

不同于业内1~2种GO/KEGG富集分析结果呈现方式，吉凯基因提供四种可视化方案供研究者选择。
05 交互式蛋白质互作PPI：支持个性化排版，悬浮显示蛋白质的多项特征信息

吉凯基因的PPI互作网络图具有交互式功能，可悬浮显示蛋白的多项特征信息，并支持删减蛋白及个性化排版，即使是生信零基础的用户也可以玩转数据啦！
06 蛋白质动态分布范围图：展示蛋白含量高低，高低丰度一清二楚

为了帮助研究者了解实验测到的蛋白质含量高低，吉凯基因提供蛋白质动态分布范围图，后续论文写作时可直接展示此图，也支持数据返修，让研究者自定义需要展示感兴趣的蛋白质。
07 多组比较提供韦恩分析：展示多比较组的共有和特有差异蛋白质

venn图是科研文章中最常见的一种图，可用来表示多个数据集之间的关系。吉凯基因提供多比较组的Venn分析，以展示各比较组共有和特有的差异蛋白质。
三大高级服务
为满足临床科研用户更多样化的生物信息分析需求，吉凯基因还提供疾病靶点分析、机制挖掘和多组学趋势分析等三大高级服务。

01 疾病靶点分析
（1）DO富集分析
Disease Ontology数据库是描述基因功能与疾病相关的数据库，可以帮助研究者更好的理解疾病的异质性和疾病的致病机理。分析结果呈现方式与前述的GO/KEGG传统富集分析结果呈现形式一致，此处不做赘述。

（2）IPA关键词注释分析
Ingenuity Pathway Analysis（IPA数据库）是目前生命科学研究领域最可靠、最全面的功能研究数据库。吉凯基因购买了商业版的IPA软件，可以提供IPA关键词注释服务，帮助快速了解差异蛋白质是否有在目标功能/通路/疾病中被报道过，省去查阅文献这项工作。


02 机制挖掘分析

（1） IPA功能模块分析
除IPA关键词注释服务外，吉凯基因也提供经典通路分析、疾病和功能分析、上游调控分析、调控效应分析和相互作用网络分析等5个模块的IPA分析服务内容，分析结果可直接用于论文中。
（2）WGCNA分析
WGCNA，全称为weighted gene co-expression network analysis，即加权基因共表达网络分析。相比只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析。一是充分利用信息，二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联，免去多重假设检验校正的问题，如在肺腺癌蛋白基因组、心梗后心衰、阿尔兹海默病等疾病的高水平研究者均涉及此项分析。

03 多组趋势分析

在涉及时间变化、药物浓度/剂量变化、疾病程度、生长周期等梯度趋势型实验设计中，研究者往往更关心实验变化过程中最具有代表性的基因集以及对应的趋势特征。吉凯基因可以提供STEM分析和Mfuzz分析两种趋势聚类算法，可供研究者选择。
以上为本次新版蛋白质组学分析报告的最主要的升级看点和内容。我们衷心的希望2022版蛋白质组学报告能够助力科研用户轻松走完“科研的最后一公里”。自2022年9月26日起进入生信分析的正价合同（项目进展可查看吉凯推送的项目进展邮件）和新签的正价合同，即可自动升级为B套系，加量不加价！欢迎订购吉凯基因蛋白质组学产品，以及推荐给身边正需要的朋友！

吉凯基因凭借多年在靶标筛选及验证服务领域的技术积累，建立的标准化 、工程化 、系统化的GRP平台，为中国研究型医生提供科研服务，加快科研成果转化。其中，多组学平台包含蛋白质组学平台和高通量测序平台：

·蛋白质组学平台拥有多台timsTOF Pro、Exploris 480高精度质谱仪，专业的Spectronaut Plusar、Mascot等分析软件，提供专业的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修饰组、olink蛋白质组等检测服务，强大的机器学习算法、IPA分析、蛋白基因组分析服务，系统的生物标志物、分子分型、药物靶点、基因功能研究等解决方案，真正让广大研究型医生的科研工作更省心、更省力、更高效；

·高通量测序平台分为常规测序服务和单细胞测序服务：单细胞测序拥有10x和BD两个平台，提供单细胞RNA-seq、单细胞核测序、单细胞混样RNA-seq、单细胞TCR/BCR、单细胞（RNA+ATAC）、空间转录组测序等服务；常规测序服务提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修饰测序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙酰化修饰测序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻译组测序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全转录组测序（两文库/三文库）、外泌体miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服务