SnapGene 视频教程:教您一款功能强大的 DNA 序列编辑及分析软件
6028 人阅读发布时间:2020-08-27 11:08
无论是研究基因功能,还是做基因治疗如 CAR-T,亦或者研究冠状病毒,大部分生物类科研工作者都离不开与 DNA 或者蛋白序列打交道,但单纯的序列如同加密的代码,如何有效快速识别呢?今天小编给大家讲解一款多功能序列编辑的软件 snapgene,主要涉及入门级,也是常用的功能,包括:载体功能序列快速识别、基因序列获取、序列搜索、核对引物、测序结果分析等。
snapgene 软件分为正式版以及 viewer 版本,正式版需收费,含有所有功能;viewer 版免费,缺少设计功能,以及无法对序列修改。今天小陈结合两个版本(点此下载)讲解下该软件的使用方法,请点击下方视频观看完整使用教程:https://mp.weixin.qq.com/s/H-cwloA03lutjzi4d0D2rQ
视频核心要素
一、载体功能序列识别
addgene、百度等收录了大量的载体序列,可以将序列以 snapgene 打开,快速识别诸如抗性、荧光、启动子等通用型序列,解读载体省时省力。
二、NCBI 转录本提取
snapgene 的「Import」功能可快速导出 NCBI-Genbank 数据库 ID,无需再通过网页查询序列,关键是,Genbank 数据含有批注,如编码区、UTR、内含子、已验证的增强子等,解读基因省时省力。
Snapgene 软件左侧提供了多个功能按钮,本文介绍用的最多的四项:
1. show enzymes:显示酶切位点,下拉含有多个操作按钮,分别显示序列中不同个数的酶切位点,亦或者显示序列不含的酶切位点,深黑色的是单一的酶切位点,浅色的为多切位点,可快速查询酶及识别序列。
2. show features:显示 / 隐藏功能序列,某些序列如果含有的功能片段较多,显得较为凌乱,可以点此操作。
3. show translation:显示 / 预测翻译,显示序列可能的编码区(可下拉调整参数),该功能为预测功能,使用需要结合序列本身的特征或者对序列有一定的了解,也可借助此功能快速预测 lncRNA、circRNA 等潜在的编码区,十分实用!
4. use 3 letter amino acid codes:显示氨基酸密码子的呈现显示,如 Asp—D 转换。
四、下方搜索框及引物比对
阅读文献时,经常会有靶点、氨基酸、引物等序列,如何判断文献信息跟自己查询的序列是否一致呢?可以通过如下两个快捷键
①快捷键「control+F」,在下方显示了搜索框,下拉可以看到三个选项,分别查询 DNA、氨基酸、酶等序列或者名称,可快速锁定目标序列。
②快捷键「control+R」,添加引物,若引物与序列匹配,会对应到具体位置,对于构建启动子、突变型的序列核实裨益甚大。
以上就是本文讲解的实用功能,对于大部分科研工作者,免费的 viewer 版即可满足日常使用,是不是很简单呢?
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邮箱:hui.hu@genechem.com
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